現在の石垣空港は、昭和18年旧日本軍により海軍飛行場として建設され、戦後、米軍統治下に置かれた。昭和31年から民間航空会社が運航、昭和43年には滑走路の延長とともにYS-11型機が就航し、日本復帰の翌年（昭和48年）には、第３種空港として指定されている。また、この頃、増大する航空需要に対応するためジェット化が課題となったが、滑走路を延長することは困難であるため、騒音に関し空港周辺住民の理解を得て、暫定的に小型ジェット機（B-737型機）を就航させている。

　現在では、那覇､宮古、与那国､多良間､波照間の県内路線の他、東京、大阪、名古屋、福岡の本土路線が就航する八重山地域の基幹空港となっており、平成13年度には、旅客約143万人、貨物約１万トンの利用実績がある。

　しかしながら、現在の石垣空港は、滑走路1,500ｍのままジェット化しているため、一部の路線について重量制限等の制約を課さざるを得ない等の課題を抱えている。

　このため、重量制限等の大幅な改善を図るとともに、空港周辺地域への騒音影響の軽減、今後増大すると見込まれる航空需要に対応し、八重山圏域の振興発展を図るため、中型ジェット機（B-767型機等）が就航可能な2,000ｍの滑走路を有する新空港を建設する。