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更新日：2021年5月28日
沿革
| 平成6年度 | 「海洋深層水研究拠点立地条件調査」を実施し、沖縄近海での海洋深層水の特性を確認し研究施設研究候補地を選定。 |
| 平成7年度 | 「沖縄型海洋深層水総合利用システム開発調査」を実施し、具体的な利用方法と取水場所を検討し久米島に建設位置を選定。 |
| 平成8年度 | 「海洋深層水総合利用についての基本方針」を策定。 |
| 平成9年度 | 「先導的研究開発施設の整備事業（国庫補助事業：科学技術庁）」により、海洋深層水総合利用施設の整備を開始。 |
| 平成12年度 | 沖縄県海洋深層水研究所を開所。 |
| 平成15年度 |
クルマエビの母エビ養成技術を技術移転。（移転先：沖縄県車海老漁業協同組合） |
| 平成16年度 |
海洋深層水を利用した緑藻クビレズタ、紅藻フロリダ産オゴノリの陸上養殖技術を技術移転。 （移転先：久米島海洋深層水開発株式会社） |
| 平成18年度 | ホームページによる情報公開を開始。 |
| 平成20年度 |
クルマエビ種苗生産関連技術で特許取得。 「養成クルマエビの産卵促進方法並びに産卵促進装置」 |
| 平成24年度 | 企画部から農林水産部に所管変更 平成25年3月、敷地内に海洋温度差発電実証設備が完成（所管：商工労働部産業政策課）。 |
| 平成27年度 |
海洋深層水利用学会より学会賞受賞 「海洋深層水の冷熱エネルギーを利用した亜熱帯環境での寒冷地農作物の新しい栽培技術確立と事業化への貢献」 |
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