「沿岸域における自然環境の保全に関する指針」の概略は図３及び表３に示すとおりである。
　八重山諸島全域で、
　　　評価ランク I （自然環境の厳正な保護を図る区域）は８３区域
　　　評価ランクII （自然環境の保護・保全を図る区域）は１２区域
　　　評価ランクIII （自然環境の保全を図る区域）は６区域
　　　評価ランクIV （自然環境の創造を図る区域）は５区域
　である。

　各々の地域の概要は、以下に記す通りである。

（１）評価ランク I （自然環境の厳正な保護を図る区域）
　石垣島東部・北部、西表島のほぼ全域、石西礁湖や各島々周辺区域がこれに相当する。

（２）評価ランクII （自然環境の保護・保全を図る区域）
　石垣島の名蔵湾、石垣港周辺、西表島の干立、船浦などがこれに相当する。

（３）評価ランクIII （自然環境の保全を図る区域）
　石垣島の崎枝湾奥部、西表島の大原港、船浦港、上原港などがこれに相当する。

（４）評価ランクIV （自然環境の創造を図る区域）
　石垣島の石垣港、宮良湾、与那国島の久部良港、祖納港などがこれに相当する。