昭和５５年１０月６日指定、総面積130.25ha、特別地区 13.21ha。ビロウ林が良く発達し、与那国島固有の群落である。また、与那国島の動物の主要生息地でもある。

　昭和５５年１０月６日指定、総面積215.25ha、特別地区 46.98ha。山頂部にはウラジロガシの優占する林分があり、山頂部から南側傾斜面にかけては、イタジイ林が発達し、サンニヌ台から新川鼻にかけては、地形、地質、植生の上から極めて複雑な様相を呈している。

　昭和５５年１０月６日指定、総面積 43.57ha。陸起サンゴ礁に発達するコウライシバーソナレムグラ群集及び未風化の砂丘の平坦地によく発達するコウライシバーシマニシキソウ群集が見られる。

　昭和47年４月18日指定、昭和52年７月１日区域拡張指定。西表島の中央部の原生林地域（島の約３５ ％）と石垣島と西表島の間の海上に浮かぶ竹富島、 小浜島、嘉弥真島、黒島、新城島などを含む海域を合わせた44,606ha。西表島山地部のイタジイ、タブ 、オキナワウラジロガシ等で代表される亜熱帯照葉 樹林と主要河川の塩沼地のマングローブ林は、我が国でもっとも広く、しかも原始性にすぐれている。 また、海域は石西礁湖と呼ばれ、我が国最大のサン ゴ礁が広がっている。指定区域の含まれる市町村は、竹富町の１町である。なお、総面積44,606haのう ち、陸地面積は12,506ha（特別地域 9,980ha、普通 地域 2,526ha）であり、海域面積は32,100ha（海中公園地区 214ha、普通地域31,886ha）である。