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| 知事公室 | 企画部 | 文化環境部 | 福祉保健部 | ||
| 秘書課 広報課 基地対策課 返還問題対策課 防災危機管理課
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情報政策課 地域・離島課 市町村課 |
文化振興課
平和・男女共同参画課
県民生活課
環境政策課 環境保全課 環境整備課 自然保護課 |
福祉・援護課 高齢者福祉介護課 青少年・児童家庭課 障害保健福祉課
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| 農林水産部 | 観光商工部 | 土木建築部 | 出納事務局 | ||
農林水産企画課
営農支援課 園芸振興課 糖業農産課 畜産課 村づくり計画課 農地水利課 農村整備課 森林緑地課 水産課
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産業政策課 新産業振興課 商工振興課 経営金融課 企業立地推進課 情報産業振興課 雇用労政課 観光企画課 観光振興課 交流推進課（旅券センター） |
海岸防災課 港湾課 空港課
下水道課 建築指導課 住宅課 施設建築課 新石垣空港課
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会計課 |
各種委員会
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