17年４月から機構改革により７部署の試験研究機関が企画部科学技術振興課の出先機関として一元化され、水産試験場も農林水産部から企画部へと所属替えとなりました。さらに今年度から組織体制の改革が行われ、33年間続いた沖縄県水産試験場は沖縄県水産海洋研究センターと名称変更し、八重山支場は同石垣支所となりました。
組織体制の改革については、「行革大綱」に基づき出先機関の組織・機構や事務事業を見直し、簡素で効率的な組織機構を確立する観点から、組織のフラット化や班制度の導入が実施されることとなりました。このため、次長・庶務課長が廃止され、１課２室体制から研究企画、庶務、予算執行管理、調査船を統括する企画管理班及びこれまでの漁業室、増殖室の２研究室が統合した海洋資源・養殖班の２班体制となりました。