| 沿 革 | ||||
| （平成１８年４月現在） | ||||
| 大正 | 10年 | 1921年 | 沖縄県立水産試験場（那覇市泉崎 県庁舎内）設置 | |
| 昭和 | 2年 | 1927年 | 漁業調査船初代「図南丸」（100トン）建造 | |
| 3年 | 1928年 | 那覇市垣花町に移転、沖縄県水産試験場に改称 | ||
| 19年 | 1944年 | 第二次世界大戦の大空襲で機能停止 | ||
| 23年 | 1948年 | 沖縄水産試験場として再出発、事務所を沖縄民政府内に置く | ||
| 25年 | 1950年 | 琉球水産研究所に改称 | ||
| 27年 | 1952年 | 佐敷町（現：南城市）馬天に移転 | ||
| 32年 | 1957年 | 那覇市泊に移転 | ||
| 35年 | 1960年 | 漁業調査船第２代「図南丸」（159トン）建造 | ||
| 41年 | 1966年 | 漁業調査船初代「くろしお」（21トン）建造 | ||
| 石垣市川平に支所として八重山水産模範養殖場設置 | ||||
| 45年 | 1970年 | 本所を琉球水産研究所、おなじく支所を八重山支所に改称 | ||
| 同年10月に本所を琉球水産試験場、おなじく支所を八重山支場に改称 | ||||
| 47年 | 1972年 | 本土復帰により、沖縄県水産試験場および同八重山支場に改称 | ||
| 49年 | 1974年 | 糸満市西崎町に本場新築移転 | ||
| 50年 | 1975年 | 漁業調査船第３代「図南丸」（216トン）建造 | ||
| 55年 | 1980年 | 漁業調査船第２代「くろしお」（34トン）建造 | ||
| 58年 | 1983年 | 本部町大浜に栽培漁業センターを支場として設置 | ||
| 63年 | 1988年 | 同センター、栽培漁業センターとして水産試験場から独立 | ||
| 平成 | 7年 | 1995年 | 漁業調査船第４代「図南丸」（176トン）建造 | |
| 8年 | 1996年 | 漁業調査船第２代「くろしお」（34トン）廃船 | ||
| 同年３月八重山支場の全面改築工事が竣工 | ||||
| 17年 | 2005年 | 組織改革により農林水産部から企画部に所属変更 | ||
| 18年 | 2006年 | 本場を水産海洋研究センター、支場を同センター石垣支所に改称 | ||
| 24年 | 2012年 | 組織改正により企画部から農林水産部に再配置 | ||